JoruriMailのローカル保存機能は、複数メール及び、受信トレイ等のフォルダを指定しての保存には対応しておりません。
サーバー上のメールデータのバックアップ用途をお考えでしたら、Joruriのクライアント用オプションとして「Joruri Mail store」という商品がございます。
このツールを使用することにより、受信トレイに限らずサーバ上の全てのメールをローカルに保存(eml形式)する事が可能となります。
その他、保存したメールを対象とした閲覧／検索操作及び、必要なメールを整理した後、サーバへアップロードするといった機能についても持ち合わせております。